1) Conecte-se ao Sharepoint Online através do cmdlet:
Import-Module Microsoft.Online.Sharepoint.PowerShell
$credential = Get-credential
Connect-SPOService -url https://contoso-admin.sharepoint.com -Credential $credential
2) Execute o seguinte cmdlet para excluir o Site Collection:
Remove-SPOSite -Identity https://contoso.sharepoint.com/sites/SiteCollectionName -NoWait
Lembrando que contoso deve ser substituído pelo endereço do site collection a ser excluído.
Um grande abraço e até o próximo artigo.